La Biblioteca dell’Istituto italiano per gli studi storici (dichiarata di eccezionale interesse ai sensi della Legge 1.6.1939 n. 1089, con decreto del Ministero per i Beni Culturali e Ambientali del 30.5.1997) conta attualmente 135.000 volumi, con 350 periodici correnti e un accrescimento annuo di circa 1.000 volumi. La Biblioteca dell’Istituto nacque a integrazione e continuazione della Biblioteca di Benedetto Croce, allocata nello stesso palazzo ed eretta nel 1956 in Fondazione, affinché gli allievi avessero a disposizione i testi necessari alle loro ricerche e sale di lettura attrezzate per la consultazione di opere generali.
Gli indirizzi di accrescimento della Biblioteca hanno riguardato genericamente l’intera gamma delle discipline umanistiche, con una attenzione a evitare repliche di fondi e collezioni presenti in altre biblioteche napoletane; una particolare cura fu posta nell’acquisizione dei periodici, scegliendo testate assenti a Napoli, talvolta addirittura in tutta Italia, dando molto spazio ai periodici stranieri, senza trascurare tuttavia le principali riviste italiane, costituendo un fondo di eccezionale valore per l’epoca in cui fu iniziato, e che, via via accresciuto, conserva tuttora una grande importanza.
I primi acquisti, sostenuti in buona parte da un finanziamento straordinario della Fondazione Rockefeller, si orientarono per lo più verso quei testi della storiografia europea e americana che durante il fascismo, e ancor più negli anni della guerra, avevano circolato poco e male in Italia: le fonti e gli studi di storia italiana ed europea tardomedievale e moderna, di storia della Riforma e della Controriforma, di storia della Rivoluzione francese (in questa sezione è da segnalare l’acquisto, eseguito direttamente da Chabod, di un gruppo di alcune centinaia di preziosissimi opuscoli e documenti delle prime attività rivoluzionarie in Francia), di storia della storiografia.
Oltre che dagli acquisti, un’altra importante fonte da cui provengono i libri e i periodici della Biblioteca è costituita dagli scambi di pubblicazioni. Dai primi contatti (oggi ancora attivi), attraverso Luigi Russo con la Scuola Normale Superiore di Pisa, e attraverso Frances Yates col Warburg Institut di Londra, questa rete di scambi si è poi sviluppata con le principali università, biblioteche, accademie, società di storia patria e istituzioni culturali italiane, ed istituzioni straniere quali: la Biblioteca Apostolica Vaticana, la Library of Congress di Washington, la John Rylands Library di Manchester, il Leo Baeck Institut di Londra, la Societè d’histoire et d’archeologie di Ginevra, la Fondazione Villa i Tatti di Firenze, il Centre Jean Bérard di Napoli, l‘École française di Roma e, sempre a Roma, il Deutsches Historisches Institut, l’American Academy, l‘Accademia di Danimarca, l‘Instituto de Historia y Arqueologia, l‘Istituto Svedese di Studi Classici; le università di Budapest, Cracovia, Kyoto, Berkeley, e le Biblioteche Nazionali di Mosca e Madrid.
Un discorso a parte va fatto per le donazioni di fondi librari da parte di enti, istituzioni e privati. Il primo fondo donato alla Biblioteca venne dalla famiglia Omodeo ed era costituito dai libri di storia del Cristianesimo appartenuti allo studioso. Tra le istituzioni occorre ricordare: la Camera dei Deputati, il Senato della Repubblica, l’USIS, la Deutsche Forschung Gemeinschaft (che, grazie all’interessamento dell’allora console tedesco a Napoli, Hollbach, ha donato numerose serie complete dei Monumenta Germaniae Historica, la Realencyclopaedie di Pauly-Wissowa e gli Handbuch der Altertumswissenschaft). Tra i privati: Maurizio Mattioli, Raffaele Mattioli (che ha donato le bozze di stampa della prima edizione della Storia d’Italia di Croce) e Giorgio Levi della Vida, al quale si deve il dono della prima edizione dei Romanzi di Giovanni Battista Pigna con le postille manoscritte di Orazio Ariosto. Un cenno a sé merita la biblioteca di Federico Chabod donata dalla vedova nel 1960, ricca di circa 8.000 tra volumi e opuscoli, in un ambito che va dalla storia umanistica e rinascimentale a quella contemporanea.
Da Benedetto Nicolini è venuta nel 1985 la più importante di queste donazioni: la sua biblioteca, di circa 30.000 volumi, ha come nucleo centrale la storia della Riforma e della Controriforma, la storia del Cristianesimo e quella politica e letteraria dell’Europa nei secoli dal XV al XVII, con un’importante collezione di oltre 700 cinquecentine e rare edizioni del ‘600, del ‘700 e dell’800. In questa raccolta di eccezionale valore vanno menzionati gli scritti dei riformatori europei (Lutero, Calvino, Ochino e altri) e di autori come Vittoria Colonna, Galileo Galilei, Erasmo da Rotterdam, Teofilo Folengo, Torquato Tasso, Paolo Sarpi, Girolamo Savonarola, Pietro Giannone, Alessandro Manzoni i quali ebbero relazioni, in un modo o in un altro, con i temi del Protestantesimo. Inoltre si trovano in questo fondo le raccolte crociana (contenente alcuni manoscritti) e vichiana della biblioteca di Fausto Nicolini, nonché le opere scritte e curate dall’insigne erudito, con numerose prime stesure manoscritte, inediti, edizioni postillate.
La biblioteca di Ettore Guerriero, donata nel 1989 alla Fondazione “Biblioteca Benedetto Croce”, è stata depositata presso l’Istituto e costituisce un fondo a sé stante di circa 4.000 volumi, riguardanti per lo più la letteratura latina e italiana. Vi si segnalano tra l’altro alcune belle edizioni del ‘700 e dell’800 di classici latini, l’opera completa di Croce, l’intera collezione della “Critica” e dei “Quaderni della Critica”, l’opera completa di Francesco Torraca, con le sue lezioni universitarie inedite. Nel 1993 sono stati donati alla biblioteca dagli eredi di Guido Calogero i circa 5.000 opuscoli della sua biblioteca, riguardanti per lo più la filosofia antica, la politica e la filosofia contemporanea. Nello stesso anno gli eredi di Adolfo Omodeo hanno donato la rimanente parte dei suoi libri  che riguardano per lo più la storia e la politica contemporanea, e in particolare la storia del Risorgimento. Nel 1995 sono pervenute la biblioteca di Vincenzo Torraca, composta da alcune migliaia di volumi, una parte dei quali – quella riguardante la storia politica dell’ultimo secolo – è stata costituita in fondo a sé stante; e la raccolta di circa 300 libri di storia degli studi classici lasciati all’Istituto da Piero Treves, il catalogo dei quali è stato pubblicato in opuscolo nel 1998. Tra il 2004 e il 2006 sono pervenute tre nuove donazioni: una parte della biblioteca di Gennaro Sasso, che comprende circa 1.600 volumi che spaziano dalla filosofia antica a quella contemporanea, dagli studi umanistico-rinascimentali alla storia della storiografia; circa 1.300 volumi appartenenti alla biblioteca di Raffaele Mattioli, tra i quali numerose edizioni straniere di fonti e studi di storia, filosofia e storiografia; e la biblioteca di Mario Corsi, di argomento filosofico, con opere e letteratura critica sui maggiori autori moderni e contemporanei, consistente di oltre 3.000 volumi. Nel settembre 2009 è stata donata all’Istituto la biblioteca di Margherita Isnardi Parente, che comprende circa 3.000 volumi e consiste in gran parte di ricche collezioni di classici e di studi di storia e filosofia antica. Ultima in ordine cronologico è stata la donazione di Antonio Garzya, giunta nel 2012 e composta prevalentemente di classici di storia, filosofia e filologia antica.
La Biblioteca dell’Istituto è collegata dal 1993 al Servizio Bibliotecario Nazionale (SBN) e ha finora contribuito all’accrescimento dell’Indice Nazionale con l’inserimento di oltre 450.000 notizie bibliografiche (119.000 record tra monografie e periodici in parte non ancora registrati da altre biblioteche) corrispondenti a circa il 90% dei volumi costituenti il patrimonio della biblioteca. I record prodotti vengono scaricati periodicamente in un catalogo informatizzato locale consultabile via Internet (OPAC) che garantisce la visibilità del patrimonio posseduto e facilita le ricerche degli studiosi di tutto il mondo.